Im Oktober 1143 gab es die erste urkundliche Erwähnung Bruningesheim. Die vier Brüder Manegold, Ulrich, Adalbert und Walter schenkten darin dem Kloster Anhausen ein predium (Landgut, Grundstück). Die Brüder gehörten zu den Pfalzgrafen, die wiederum mit den Herren von Stubersheim verwandt waren.

Archäologische Funde im Ortsbereich belegen jedoch eine Siedlung seit der Merowingerzeit. Es ist also ziemlich sicher, dass das Dorf schon länger existieren muss. Ab 2002 gab es weitere archäologische und geographische Forschungen durch das Römisch-Germanische Zentralmuseum aus Mainz. Die Ergebnisse belegen deutlich ein Leben auf der Bräunisheimer Gemarkung weit vor 1143.

Im Laufe der Jahrhunderte wurde das kleine Dorf ziemlich herumgereicht.1382 wurde Bräunisheim an die Reichsstadt Ulm verpfändet. Ab 1480 gehörte Bräunisheim ganz zur Reichsstadt Ulm. 1803 wurde die Ortschaft dann bayrisch bevor sie 1810 wieder
württembergisch und Teil des Oberamtes Geislingen wurde. Seit 1938, als die Landkreise gebildet wurden, ist Bräunisheim Teil des Landkreises Ulm. Bräunisheim gehört seit dem 1.12.1973 nach Amstetten, während der bis dahin dazugehörende Teilort Sontbergen nach Gerstetten zugeordnet wurde. Bräunisheim ist das nord-westlichste Dorf des Alb-Donau-Kreises und grenzt heute an die Landkreise Göppingen und Heidenheim. Durch diese regionalen Begebenheiten ist es nicht verwunderlich auch heute noch kuriose Konstellationen
zu finden. Kirchlich gehört Bräunisheim zum Bezirk Geislingen, die Telefonvorwahl ist von Gerstetten und die Landfrauen gehören zum Bezirk Altheim/Alb.

1871 zählte Bräunisheim noch 259 Einwohner, heute hat die Ortschaft etwa 220 Einwohner.

Im Jahre 2018 feierte Bräunisheim mit einem umfassenden Jahresprogramm die 875-Jahrfeier.

Für Interessierte, welche über Bräunisheim mehr erfahren möchten sind die bereits
zwei erschienenen Dorfchroniken aus den Jahren 1993 und 2018 zu empfehlen.
Beide sind über die Bräunisheimer Ortsverwaltung zu erwerben.