Das in Amstetten anfallende Abwasser wird in in der Kläranlage des Abwasserzweckverbandes Oberes Lonetal in Lonsee-Halzhausen gereinigt. Zum Abwasserzweckverband gehören die Gemeinden Amstetten, Lonsee und Nellingen. Das Kanalnetz in Amstetten beträgt ca. 35 km, der Sammler nach Halzhausen ist 10 km lang.

Das Abwasser aus den Teilorten Schalkstetten und Bräunisheim muß zunächst auf die Höhe gepumpt werden, damit es dann im freien Gefälle Richtung Amstetten fließen kann.